Pages

Welcome Pictures, Images and Photos

15 Okt 2012

Bioinformatika


Teknologi informatika ternyata tidak hanya membahas tentang teknik-teknik computer saja, tetapi saat ini pemanfaat teknologi informatika berkembang, mennggabungkan dengan ilmu-ilmu lainnya sehingga membentuk sebuah kajian ilmu, salah satunya yaitu Bioinformatika.


Apakah bioinformatika itu??
Menurut Wikipedia yaitu sebagai berikut : Bioinformatika adalah (ilmu yang mempelajarai) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis.  Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.
Istilah bioinformatika pertama kali digunakan pada tahun 1990an dan pada mulanya diartikan sebagai manajemen dan analisi DNA, RNA, dan data sekuensing protein. Perkakas komputasi untuk analisis sekuesing telah tersedia sejak tahu 1960an, tetapi hal ini mempunyai kepentingan yang sempt sampai kemajuan dalam teknologi sekuensing yang mendorong kea rah suatu perkembangan yang cepat dalam jumlah sekuens yang tersimpan di database seperti GenBank. Saat ini, istilah Bioinformatika telah meluas untuk menyertakan tipe data biologi yang berbeda, sebagai contoh struktur protein, profil ekspresi gen dan interaksi protein. Masing-masing dari tipe data tersebut memerlukan pengaturan database, algoritma dan metode statistik sendiri-sendiri.
Bioinformatika didefinisikan secara luas, walaupun tidak eksklusif adalah suatu disiplin yang berbasis komputer. Komputer penting dalam bioinformatika untuk dua pertimbangan; pertama, banyak permasalahan dalam bioinformatika memerlukan tugas yang sama untuk diulang beribu-ribu kali. Sebagai contoh, membandingkan sekuens baru terhadap setiap sekuens yang tersimpan didalam database atau membandingkan kelompok sekuens secara sistematik untuk menentukan hubungan yang evolusioner. Pada beberapa kasus, kemampuan komputer untuk memproses informasi  dan solusi alternarif tes adalah sangat dibutuhkan. Kedua, komputer diperlukan sebagai tenaga untuk pemecahan masalah. Permasalahan yang khas dapat ditujukan menggunakan bioinformatika bisa meliputi penyelesaian jalur lipatan protein yang yang diberikan oleh sekuens asam aminonya, atau menyimpulkan jalur biokimia yang diberikan oleh koleksi ekspresi profil RNA. Komputer dapat membantu beberapa masalah, tapi hal ini penting untuk dicatat bahwa keahlian input dan data asli yang sempurna juga diperlukan.
Teknologi Bioinformatika Secara Umum
Saat ini pekerjaan Bioinformatika banyak berkaitan dengan teknologi database. Penggunaan database ini meliputi baik tempat penyimpanan database “umum” seperti GenBank atau PDB maupun database “pribadi”, seperti yang digunakan oleh grup riset yang terlibat dalam proyek pemetaan gen atau database yang dimiliki oleh perusahaan-perusahaan bioteknologi. Konsumen dari data Bioinformatika menggunakan platform jenis komputer dalam kisaran: mulai dari mesin UNIX yang lebih canggih dan kuat yang dimiliki oleh pengembang dan kolektor hingga ke mesin Mac yang lebih bersahabat yang sering ditemukan menempati laboratorium ahli biologi yang tidak suka komputer.
Database dari sekuen data yang ada dapat digunakan untuk mengidentifikasi homolog pada molekul baru yang telah dikuatkan dan disekuenkan di laboratorium. Dari satu nenek moyang mempunyai sifat-sifat yang sama, atau homology, dapat menjadi indikator yang sangat kuat di dalam Bioinformatika.
Setelah informasi dari database diperoleh, langkah berikutnya adalah menganalisa data. Pencarian database umumnya berdasarkan pada hasil alignment / pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein. Kegunaan dari pencarian ini adalah ketika mendapatkan suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui fungsinya maka dengan membandingkannya dengan yang ada dalam database bisa diperkirakan fungsi daripadanya. Salah satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) yang merupakan program pencarian kesamaan yang didisain untuk mengeksplorasi semua database sekuen yang diminta, baik itu berupa DNA atau protein. Program BLAST juga dapat digunakan untuk mendeteksi hubungan di antara sekuen yang hanya berbagi daerah tertentu yang memiliki kesamaan.


Sumber referensi:

Diposting oleh Rya di 10/15/2012 10:16:00 PM
Label:

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

Langganan: Posting Komentar (Atom)

15 Okt 2012

Bioinformatika


Teknologi informatika ternyata tidak hanya membahas tentang teknik-teknik computer saja, tetapi saat ini pemanfaat teknologi informatika berkembang, mennggabungkan dengan ilmu-ilmu lainnya sehingga membentuk sebuah kajian ilmu, salah satunya yaitu Bioinformatika.


Apakah bioinformatika itu??
Menurut Wikipedia yaitu sebagai berikut : Bioinformatika adalah (ilmu yang mempelajarai) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis.  Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.
Istilah bioinformatika pertama kali digunakan pada tahun 1990an dan pada mulanya diartikan sebagai manajemen dan analisi DNA, RNA, dan data sekuensing protein. Perkakas komputasi untuk analisis sekuesing telah tersedia sejak tahu 1960an, tetapi hal ini mempunyai kepentingan yang sempt sampai kemajuan dalam teknologi sekuensing yang mendorong kea rah suatu perkembangan yang cepat dalam jumlah sekuens yang tersimpan di database seperti GenBank. Saat ini, istilah Bioinformatika telah meluas untuk menyertakan tipe data biologi yang berbeda, sebagai contoh struktur protein, profil ekspresi gen dan interaksi protein. Masing-masing dari tipe data tersebut memerlukan pengaturan database, algoritma dan metode statistik sendiri-sendiri.
Bioinformatika didefinisikan secara luas, walaupun tidak eksklusif adalah suatu disiplin yang berbasis komputer. Komputer penting dalam bioinformatika untuk dua pertimbangan; pertama, banyak permasalahan dalam bioinformatika memerlukan tugas yang sama untuk diulang beribu-ribu kali. Sebagai contoh, membandingkan sekuens baru terhadap setiap sekuens yang tersimpan didalam database atau membandingkan kelompok sekuens secara sistematik untuk menentukan hubungan yang evolusioner. Pada beberapa kasus, kemampuan komputer untuk memproses informasi  dan solusi alternarif tes adalah sangat dibutuhkan. Kedua, komputer diperlukan sebagai tenaga untuk pemecahan masalah. Permasalahan yang khas dapat ditujukan menggunakan bioinformatika bisa meliputi penyelesaian jalur lipatan protein yang yang diberikan oleh sekuens asam aminonya, atau menyimpulkan jalur biokimia yang diberikan oleh koleksi ekspresi profil RNA. Komputer dapat membantu beberapa masalah, tapi hal ini penting untuk dicatat bahwa keahlian input dan data asli yang sempurna juga diperlukan.
Teknologi Bioinformatika Secara Umum
Saat ini pekerjaan Bioinformatika banyak berkaitan dengan teknologi database. Penggunaan database ini meliputi baik tempat penyimpanan database “umum” seperti GenBank atau PDB maupun database “pribadi”, seperti yang digunakan oleh grup riset yang terlibat dalam proyek pemetaan gen atau database yang dimiliki oleh perusahaan-perusahaan bioteknologi. Konsumen dari data Bioinformatika menggunakan platform jenis komputer dalam kisaran: mulai dari mesin UNIX yang lebih canggih dan kuat yang dimiliki oleh pengembang dan kolektor hingga ke mesin Mac yang lebih bersahabat yang sering ditemukan menempati laboratorium ahli biologi yang tidak suka komputer.
Database dari sekuen data yang ada dapat digunakan untuk mengidentifikasi homolog pada molekul baru yang telah dikuatkan dan disekuenkan di laboratorium. Dari satu nenek moyang mempunyai sifat-sifat yang sama, atau homology, dapat menjadi indikator yang sangat kuat di dalam Bioinformatika.
Setelah informasi dari database diperoleh, langkah berikutnya adalah menganalisa data. Pencarian database umumnya berdasarkan pada hasil alignment / pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein. Kegunaan dari pencarian ini adalah ketika mendapatkan suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui fungsinya maka dengan membandingkannya dengan yang ada dalam database bisa diperkirakan fungsi daripadanya. Salah satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) yang merupakan program pencarian kesamaan yang didisain untuk mengeksplorasi semua database sekuen yang diminta, baik itu berupa DNA atau protein. Program BLAST juga dapat digunakan untuk mendeteksi hubungan di antara sekuen yang hanya berbagi daerah tertentu yang memiliki kesamaan.


Sumber referensi:

Label:

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

Langganan: Posting Komentar (Atom)